Otevření MŽE v roce 2030 předpokládá harmonogram, který dnes prezentoval šéf NTM Karel Ksandr. Součástí projektu rekonstrukce bývalých dílen poblíž Husitské ulice je také střecha nad kolejištěm a novostavba. Projekt začal už před několika lety opravou břidlicových střech původních dílenských hal.
„Jedná se o objekty zapsané za kulturní památky, které pamatují příjezd prvního vlaku do Prahy, od čehož letos uplyne 180 let,“ řekl dnes Ksandr. První vlak přijel na dnešní Masarykovo nádraží zkušebně 4. srpna 1845, první oficiální vlak vítala 20. srpna téhož roku slavobrána.
NTM, které má pro svou unikátní železniční sbírku depozitář v Chomutově, avizovalo vznik muzea na Masarykově nádraží po Ksandrově nástupu do funkce v roce 2010. Plán čelil různým překážkám. Jednou z nich byla stavební uzávěra vyhlášená v územním plánu městem, která se přitom netýkala okolních developerských projektů. Odstranit ji z územního plánu se NTM podařilo po osmi letech.
MŽE se má podle ředitele realizovat metodou Design and Build (navrhni a postav). Vznikla architektonická studie a podařilo se vykoupit některé bezprostředně sousedící pozemky. Spolupráce na projektu se stavební fakultou Českého vysokého učení technického (ČVUT) má přispět ke snížení energetické náročnosti bývalých dílenských hal. Vzorem se podle Ksandra stalo železniční muzeum v japonském Kjótó.
Nejasné zpočátku bylo, kde bude hlavní vstup do MŽE. Nakonec NTM s vlastníky okolních staveb a pozemků dohodlo vstup od centra města. Developeři podle Ksandra vyšli muzeu vstříc, protože vítají kulturní instituci v sousedství svých komerčních projektů.
Expozice nebude stálá, NTM předpokládá, že část jeho železničních sbírek zůstane v Chomutově, mají se obměňovat a střídat. Ve sbírkách je například salonní vůz císaře Františka Josefa a další vagony a lokomotivy z různých období. Před dvěma lety muzeum představilo dvě zrestaurované parní lokomotivy 210.001 Serenyi a 411.019 Conrad Vorlauf.